Los spin-offs no cuentan o cuentan como otras sagas... menos una en la que he hecho trampa agrupando varias XD.
De las sagas digo la(s) desarrolladora(s) y de los juegos la primera plataforma para la que aparecieron, salvo que salieran en varias a la vez.
Que quede claro que el puesto que ocupa cada saga se debe a todos sus juegos, no solo a los tres que nombro. Por ejemplo, teniendo en cuenta solo esos 3, Super Mario estaría la primera o segunda, y sin embargo está donde está por los otros, que aun siendo muy buenos bajan la media.
Sin más dilación...

1. The Legend of Zelda (Nintendo/Flagship/Capcom)

The Legend of Zelda: Ocarina of Time (Nintendo 64)
The Legend of Zelda: The Wind Waker (Nintendo GameCube)
2. Final Fantasy (Squaresoft/Square Enix)

Final Fantasy VI (Super Nintendo)
Final Fantasy IX (Playstation)
3. Ouendan (iNiS)

Elite Beat Agents (Nintendo DS)
Osu! Tatakae! Ouendan! (Nintendo DS)
4. Mario Kart (Nintendo/Intelligent Systems/Namco Bandai)

Mario Kart: Double Dash!! (Nintendo GameCube)
Maro Kart DS (Nintendo DS)
5. Donkey Kong (Nintendo/Rare)

Donkey Kong Country Returns (Wii)
Donkey Kong 64 (Nintendo 64)
6. Super Smash Bros. (HAL Laboratory)

Super Smash Bros. Melee (Nintendo GameCube)
Super Smash Bros. (Nintendo 64)
7. Resident Evil (Capcom)

Resident Evil 2 (Playstation)
Resident Evil Zero (Nintendo GameCube)
8. Super Mario (Nintendo)

Super Mario Galaxy (Wii)
Super Mario Sunshine (Nintendo GameCube)
9. Banjo-Kazooie (Rare)

Banjo-Tooie (Nintendo 64)
Banjo-Kazooie: Baches y cachivaches (Xbox360)
10. Fire Emblem (Intelligent Systems)

Fire Emblem: Path of Radiance (Nintendo GameCube)
Fire Emblem: Shadow of Dragon and Sword of Light (NES)
11. Kingdom Hearts (Square Enix)

Kingdom Hearts (Playstation 2)
Kingdom Hearts: Chain of Memories (Gameboy Advance)
12. Mario & Luigi (AlphaDream)

Mario & Luigi: Viaje al centro de Bowser (Nintendo DS)
Mario & Luigi: Superstar Saga (Gameboy Advance)
13. Dragon Quest (Chunsoft/Heartbeat/Level-5)

Dragon Quest IV: Chapters of the Chosen (NES)
Dragon Quest V: Hand of the Heavenly Bride (Super Nintendo)
14. Mario "deportes" (Camelot/Next Level Games/Namco/Square Enix/Sega)

Mario Power Tennis (Nintendo GameCube)
Mario Golf: Toadstool Tour (Nintendo GameCube)
15. Street Fighter (Capcom)

Super Street Fighter II (Mega Drive/Super Nintendo)
Street Fighter II Turbo (Mega Drive/Super Nintendo)
16. Dragon Ball "lucha" (Bandai/TOSE Software Company/Dimps/Cavia/Spike)

Dragon Ball Z. Super Butôden 2 (Super Nintendo)
Dragon Ball Z. Budokai Tenkaichi 2 (Playstation 2)
17. Mario Party (Hudson Soft)

Mario Party 8 (Wii)
Mario Party (Nintendo 64)
18. Paper Mario (Intelligent Systems)

Paper Mario (Nintendo 64)
Super Paper Mario (Wii)
19. Wario Ware (Nintendo/Intelligent Systems)

Wario Ware: Touched! (Nintendo DS)
WarioWare, Inc.: Minigame Mania (Gameboy Advance)
20. Tales of... (Namco Tales Studio)

Tales of Phantasia (Super Nintendo)
Tales of Eternia (Playstation)
21. Metroid (Nintendo/Retro Studios/Team Ninja)

Metroid Prime (Nintendo GameCube)
Metroid Prime 2: Echoes (Nintendo GameCube)
22. Star Fox (Nintendo/Argonaut Software/Rare/Namco/Q-Games)

Star Fox: Assault (Nintendo GameCube)
Star Fox Command (Nintendo DS)